总 RNA 提取是分子生物学下游 qPCR、反转录、基因表达分析的前置基础,RNA 样本完整性差、发生降解,qPCR Ct 值会剧烈漂移,基因定量结果完全失去参考价值。无论是细胞样本还是动物组织样本,RNase 无处不在,手上皮肤、枪头、台面、反复冻融的样本,都有可能引入 RNA 酶造成核酸降解。
样本前期处理是决定 RNA 质量的第一道关卡。细胞样本弃培养基之后,可直接加入 Trizol 裂解;不建议细胞样本常温放置很久再裂解。动物组织样本取材之后,要么立刻投入 Trizol 充分匀浆,要么液氮速冻后‑80℃长期保存,组织样本室温暴露时间越长,内源 RNase 释放越多,RNA 降解风险越高。RNA 提取试剂(Trizol),适用于细胞、动物组织样本总 RNA 分离提取。
裂解完成之后室温静置充分裂解;后续加入氯仿剧烈震荡,离心实现水相‑有机相分层。分层之后吸取上层水相是高频失误环节,枪头切忌触碰中间白色蛋白层,一旦吸到中间层,会带入蛋白、DNA 杂质,造成 A260/A280 比值偏移。
异丙醇沉淀 RNA 环节:按照比例加入异丙醇,可选择‑20℃静置沉淀提升低丰度 RNA 得率;低温离心收集 RNA 沉淀。沉淀之后使用 75% DEPC 乙醇洗涤沉淀,洗涤步骤不要把沉淀完全吹散丢失;洗涤完成尽量去除残留乙醇,乙醇残留会抑制后续反转录酶活性,但也不可过分风干导致 RNA 极难复溶。

RNA 沉淀使用无 RNase 水重溶;提取完成后,尽快使用或者分装‑80℃保存,避免反复冻融。可通过 Nanodrop 测 OD 比值,琼脂糖凝胶电泳观察 RNA 条带完整性双重手段评估样本质量。
高频踩坑点:取材后样本室温长时间放置;吸取水相触碰中间蛋白层;沉淀被吹散丢失;乙醇残留未去除干净;样本反复冻融。
优化实操:样本取材后快速裂解或速冻;分层吸取水相小心规避中间蛋白层;沉淀洗涤轻柔操作;充分去除乙醇残留;提取完成分装冻存,减少冻融。高质量 RNA 样本,既满足体外细胞基因表达检测,也适配动物组织样本转录水平分析。